為貫徹落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006-2020年)》，進一步加強國家重點實驗室建設，提高我國自主創新能力，2007年，中央財政設立了國家重點實驗室專項經費，從開放運行、自主選題研究和科研儀器設備更新三方面，加大對國家重點實驗室的穩定支持力度。截至目前，中央財政累計安排專項經費173.3億元，其中2013年安排292個國家重點實驗室27.48億元，包括開放運行和自主選題研究經費20.72億元，儀器設備購置和升級改造經費6.76億元。
同時，中央財政創新支持機制和管理方式，注重績效考評，實行以五年為周期的定期評估機制，結合評估結果，分類分檔安排預算，既保障了國家重點實驗室的基本正常運行，又調動了其持續創新和發展的積極性。同時，建立了儀器設備購置與全國科技資源清查結果相銜接的機制，避免重復購置。
經過多年的建設與發展，國家重點實驗室已發展成為國家組織高水平基礎研究和應用基礎研究、聚集和培養優秀科技人才、開展高水平學術交流、科研裝備先進的重要基地，是我國科技創新體系的重要組成部分，在促進重大科研成果的產生和杰出科學家的培育方面，發揮了不可替代的重要作用。
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